Команда космического корабля «Энтерпрайз» во главе со своим капитаном Джеймсом Т. Кирком (Крис Пайн) попадает на новую планету. Здесь они подвергаются атаке неизвестных им существ, которые практически уничтожают корабль. Коммандер Спок (Закари Куинто), доктор Леонард «Боунс» Маккой (Карл Урбан), лейтенант Нийота Ухура (Зои Салдана) и другие члены экипажа теряют не только «Энтерпрайз», но и необходимые для сражения средства. Теперь противостоять новому врагу придется вооружившись только опытом и желанием во что бы то ни стало вернуться живыми.